| |
Genklinik
Hakkımızda
.................................................................................
Misyon, Vizyon, Değerler
.................................................................................
Ekibimiz
.................................................................................
Duyurular, Haberler
.................................................................................
Linkler
.................................................................................
Sıkça Sorulan Sorular
.................................................................................
İletişim
.................................................................................
|
|
Sıkça Sorulan Sorular
Genetik analiz Yöntemleri
Restriksiyon Enzim Analizi (REA) :
Tek bir baz çiftinin değişimi ile oluşan bir mutasyon restriksiyon enzim
bölgesinin ortadan kalkmasına veya yeni bir kesme bölgesi oluşmasına neden
olabilir. Restriksiyon enzim analizi ile tespit edilebilen mutasyonun
saptanmasında kullanılan yaklaşım, mutasyonun bulunduğu bölgenin PCR ile
çoğaltıl-
ması ve çoğaltılan DNA'nın mutasyona özgü restriksiyon enzimi ile kesildikten
sonra analiz edilmesinden ibarettir.
ARMS (Allel Refractory Mutation System) PCR:
Herhangi bir restriksiyon enzim kesim bölgesi değişikliğine neden olmayan nokta
mutasyonlarının tanımlanmasında yaygın olarak kullanılan bir yöntemdir. Hasta
bireye ait DNA örneği, mutasyonlu ve normal bölgeye özgü primerler ile iki
farklı tüpte, aynı reaksiyon koşulları altında amplifiye edilir. Ayrıca, her iki
reaksiyon tüpünün içinde, amplifikasyon kontrolü için kontrol-primerler
kullanılır. Amplifikasyon sonucu, kontrol bölgenin tüm bireylerde amplifikasyon
pozitif olması beklenir. Bununla birlikte, homozigot mutant bireyler, mutant
bölge için amplifikasyon pozitif; homozigot normal bireyler, normal bölge için
amplifikasyon pozitif ve heterozigotlar hem mutant hem de normal bölge için
amplifikasyon pozitif olurlar.
Heterodupleks oluşum analizi :
1-5nükleotidlik delesyon mutasyonunu jel üzerinde saptamak oldukça güçtür. Fakat
homozigot normal ve
mutant bireylere ait DNA örnekleri, aynı tüp için mutasyonların ve
polimorfizmlerin bulunmasında; enfeksiyon hastalıklarında patojen organizmalara
ait DNA'nın veya RNA'nın varlığını ve miktarını göstermede büyük kolaylık
sağlar. PCR tekniği, DNA'nın istenilen bölgesinin, 20-30 bazlık spesifik
oligonükleotid primerler kullanılarak, ısıya dayanıklı bir DNA polimeraz olan
Taq-DNA polimeraz enzimi ile çoğaltılmasına dayanır. PCR, diğer analiz
sistemlerine geçmek için hızlı ve duyarlı bir ara metod olarak kabul edilir.
ASA (Allele Specific Amplification ; Allele Özgü Çoğaltılma):
Yöntemin temeli, mutasyonun bulunduğu bölgeye özgü, ya da bir başka deyiş ile,
allele özgü primer kullanmaya dayanır. Ayrıca, çoğaltılmanın kontrolü için
kontrol primerleri kullanılır. İncelenen örnek mutasyonu taşıyorsa, hem kontrol
bölge hem de mutasyona özgü bölge için çoğaltılma pozitif görülür; mutasyonu
taşımıyor ise, sadece kontrol bölge için çoğaltılma pozitiftir. Heterozigot
bireylerde, allellerden birinde mevcut olan mutasyon sebebi ile, homozigot
mutantlarda olduğu gibi, her iki bölge için çoğaltılma pozitif görülür.
Long PCR :
Long PCR, standart PCR’ dan daha uzun veya uzatılmış (5 kb’den fazla ortalama 10
kb kadar) PCR çeşididir. Uzun PCR genellikle sadece hassas olduğu durumlarda
kullanışlıdır. Bu nedenle proficient polimerazların özel karışımları ve Pfu gibi
hassas polimerazlar genelde karışım haline getirilirler.
Long PCR standart PCR’ ın klonlayamayacağı büyüklükteki genleri veya büyük DNA
segmentlerini klonlamada kullanılır.
Revers Transkriptaz PCR (RT-PCR) (Ters Transkriptaz Polimeraz Zincir
Reaksiyonu) :
Ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonunun temeli PCR’a dayanır. Daha
önemlisi, ilk olarak retrovirüslerden elde edilen ve RNA’yı DNA’ya transkribe
eden ters transkripsiyonun işleyişine bağlıdır.
RT-PCR teknikleri,RNA dizilerini (mRNA gibi) DNA nükleik asidinden daha stabil
halde tutarak RNA’ dan cDNA (komplementer veya kopya DNA) oluşumuna izin verir.
Ters transkripsiyonla RNA’dan onun ters komplementeri DNA (cDNA)’nın oluşması
iki aşamalı RT-PCR’ın ilk aşamasıdır. Bunun yanında RNA’nın DNA’ya
kopyalanmasından sonra, cDNA dizileri, DNA dizisine özgün primerler kullanılarak
çoğaltılabilir. BU çoğaltılma iki aşamalı RT-PCR işleyişindeki ikici ve sonuncu
önemli aşamadır.
Multiplex PCR :
Multipleks PCR, bir reaksiyondaki hedeflerin birden fazla sayıda primer çifti
kullanılarak eş zamanlı çoğaltılmalarına izin veren PCR tipidir. Bu yöntem ilk
kez 1988 yılında Chamberlain tarafından tanımlandıktan sonra delesyonlar,
mutasyonlar ve polimorfizmler ya da kantitatif analizler ve ters transkripsiyon
PCR’ larını içeren DNA testlerinde kullanılmaktadır. Tipik olarak, patojenler
veya genetik olarak modifiye edilmiş organizmaların (GMOs) tespitinde veya
mikrosatellit analizlerinde, multiple işaretleyicilerin eş zamanlı analizine
gerek duyulduğu genotipleme uygulamalarında kullanılır.
Dizi Analizi :
Otomatik DNA dizi analiz cihazları basit olarak, sabit bilgisayarda yüklü
programlar ile bu programların yönettiği elektroforez sistemini içerir.
Elektroforetik ünitelerde bulunan lazer ışık kaynağı ile monokromatik bir ışık
oluşturulur. Söz konusu DNA’ nın bulunduğu jelmatriks bu monokromatik ışık ile
taranır. Elektroforez süresince DNA’ ya bağlanan floresan boya ışık ile taranan
bölgeye geldiğinde uyarılır. Uyarılan boya kendi için karakteristik olan dalga
boyunda ışığı geri yansıtır. Yansıyan bu ışık demeti bir detektör tarafından
kaydedilir. Kaydedilen veriler bilgisayar programları ile değerlendirilerek
sonuçlar grafiksel ya da matematiksel olarak bilgisayar ekranına aktarılır. DNA
dizi analizi cihazlarında 6 bazdan 1000 baza kadar güvenli okuma
yapılabilmektedir (Sambrook et al., 1989).
SSCA Analizi :
Tek zincir uygunluk analizi, çok sayıda DNA örneğinde, hastalık için genetik
yatkınlığa katkıda bulunabilecek bilinmeyen mutasyonların görüntülenmesi için
kullanılan en yaygın tekniktir. Yöntemin temeli, tek zincirli bir nükleik asidin
dizisindeki konformasyonuna bağlı olarak poliakrilamid jel içinde elektroforetik
göçte gözlemlenen normal dışı patterne dayalıdır.
Başa Dön
|
|
